El conjunto está formado por la zona correspondiente al convento, la iglesia, la vivienda denominada la casa del cura y de la mandadera, así como por zonas verdes compuestas por los jardines y la huerta, que están perfectamente delimitadas por un muro.

La zona construida correspondiente al convento y la iglesia se ajusta a una planta en L, cuyo acceso se realiza a través de un arco de medio punto con un escudo en su clave que, actualmente, es prácticamente imperceptible debido a su mal estado de conservación. 

Al exterior todos sus muros, a excepción del claustro (cuyo material constructivo es exclusivamente el ladrillo), están realizados a base de mampostería sobre un zócalo de piedras sillares y rematados por un alero de ladrillo. La homogeneidad de los muros se encuentra rota por la disposición de ventanas enmarcadas por jambas y dinteles de ladrillo de color rojo, y por una galería de arcos de medio punto embutida en otra galería exterior adintelada en algunas zonas conventuales. Todas las ventanas están cerradas al exterior a través de una reja de forja de hierro a cuadradillo, la habitual en los conventos de clausura. En alzada destacan, en la parte frontal, dos torreones de planta cuadrangular construidos en ladrillo y tejado a cuatro aguas, que serían utilizados como colmenar y palomar.

El convento se distribuye en tres plantas principales, a las que hay que sumar la bodega y la zona bajo cubierta. La distribución de todas las estancias se realiza en su interior a través de un cuerpo de escaleras y del claustro. En el exterior del claustro se observan las tres plantas principales del edificio con muros de ladrillo rojo, pilares y pilastras que recorren sus dos cuerpos superiores. La parte baja está formada por grandes arcos de medio punto, la planta primera por un dintel corrido de madera apoyado en ménsulas y balconadas de madera, y la superior, por unas pequeñas ventanas adinteladas y óculos ciegos. Ya en el interior, los corredores del claustro están cubiertos con bovedilla de revoltón y sencillas vigas de madera. Asimismo, en una de las pandas del claustro de la planta baja, se conservan pinturas originales de color sepia con textos alusivos a su fundación, así como distintas representaciones vegetales y humanas. 

La iglesia del convento, de grandes proporciones, es un edificio de estilo barroco. Su planta es de cruz latina con crucero y presbiterio recto. 

En los dos tramos delanteros se ubican cuatro capillas laterales comunicadas entre sí, sobre las que descansan las tribunas con celosías correspondientes a la zona de clausura, que dan a la nave central. El aspecto del interior fue transformado en los años noventa del siglo XX, debido a una reforma en la que se eliminó el enlucido de las pilastras y arcos de separación entre capillas, dejando a la vista el ladrillo. 

La nave central está cubierta por bóveda de lunetos, en los tramos más cercanos al crucero, y con bóveda baída en los dos últimos, además de por los arcos fajones que señalan los diversos tramos del templo. En el crucero destaca su gran cúpula semiesférica y su linterna.

Las bóvedas están totalmente decoradas con pinturas murales con motivos vegetales, entre la que aparecen los escudos de la Comunidad de Calatayud, y los escudos correspondientes a la Orden Franciscana. La misma pintura con motivos vegetales cubre la cúpula, pero esta vez acompañada de medallones policromados con búcaros y ángeles alados. Bajo la cúpula, en las pechinas, están representados San Francisco, San Blas, San Roque y San Alejandro.

El convento conserva en su interior un interesante conjunto de bienes muebles, especialmente retablos barrocos fechados en los siglos XVII y XVIII.